Si ves el mensaje de error 'MySQL Server has gone away', es posible que tu script no esté completamente optimizado y haga demasiadas conexiones a la base de datos. También puede ocurrir debido a cantidades excesivas de tráfico.
Otra causa probable de este error pueden ser las consultas MySQL pesadas o lentas.
En cualquier caso, para resolverlo, comprueba si tu base de datos está bien optimizada y tiene los índices configurados correctamente.
Si estás usando un script de terceros, contacta a quien desarrolló el script para que te proporcione el soporte necesario al respecto.