La configuración de PHP memory_limit se aplica al límite máximo de memoria que utiliza una sola solicitud/script/proceso. Ayuda a evitar que los scripts mal escritos consuman toda la memoria disponible en un servidor. Por ejemplo, si 3 scripts PHP están usando simultáneamente 100 MB de memoria cada uno, eso totalizaría 300 MB de uso de memoria y no se alcanzaría un límite de PHP de 128 MB.

La memoria RAM es responsable de almacenar y poner a disposición todos los datos necesarios para ejecutar un proceso o script. Básicamente, la RAM del sistema en sí es lo que asignará memoria a estos procesos o scripts, además de dejar algo de memoria reservada para garantizar el funcionamiento adecuado de otros programas/servicios en un sistema.