Com o CHMOD você pode especificar os direitos de visualização, edição e execução para seus arquivos e pastas. Essas permissões podem ser configuradas de formas diferentes para o proprietário (você), um grupo específico, e todo mundo num geral.

Acesse o menu de Sites → Gerenciar. Na barra lateral esquerda, encontre o Gerenciador de Arquivos e clique nele:

Com o botão direito, clique no arquivo ou pasta cujas permissões você deseja gerenciar - e então clique em Permissões:

Com as caixas de seleção, você poderá escolher as permissões que precisa, e verá o valor numérico da combinação logo abaixo. Você também pode configurar as mesmas permissões para o conteúdo dentro da pasta (torne as permissões recorrentes):

Se você já carregou os arquivos de seu site usando um cliente FTP, como o FileZilla, tudo que precisará fazer para configurar as permissões é clicar com o botão direito sobre o arquivo ou pasta cujas permissões você deseja atualizar, e clicar na opção de atributos ou permissões de arquivo (File Attributes ou File Permissions), dependendo do cliente de FTP que você estiver usando:

Na nova janela que será exibida, escolha as permissões desejadas marcando as caixas de seção ou configure as permissões com um número. Você também pode troná-las recursivas.

As permissões-padrão são:

OBSERVAÇÃO: