Assim como na hospedagem compartilhada ou cloud, você também pode ter seus domínios protegidos pelo SSL em planos VPS.
Embora seja recomendável consultar a documentação oficial do sistema operacional e template do seu servidor para obter instruções específicas, você pode encontrar alguns guias úteis aqui. Existem opções gratuitas e pagas disponíveis:
Opções SSL gratuitas
Alguns sistemas operacionais com funcionalidade de painel de controle já possuem SSL gratuito disponível, confira:
Para painéis que não possuem uma opção SSL e SO sem painéis, você pode usar o Certbot.
Opções de SSL pago
Você também pode instalar qualquer certificado SSL pago de sua escolha. Se você preferir o Comodo SSL , aqui estão alguns guias passo a passo para você: tutoriais de instalação da Comodo (inglês).