O diretório raiz é um diretório em que todos os arquivos do seu site estão localizados. Por padrão, a pasta raiz do seu site é public_html.
Para abrir a categoria raiz com o SSH, basta fazer o seguinte:
Uma vez lá, execute o seguinte comando:
cd /home/u123456789/domains/domain.tld/public_html
Onde /home/u123456789/domains/domain.tld/public_html é o valor de o diretório raiz que você copiou do seu hPanel.
É isso, você pode começar a trabalhar com os arquivos do seu site.
Recursos adicionais: