A configuração PHP memory_limit se aplica para o máximo de limite de memória que é usado por um único script/solicitação/processo. Ele ajuda a prevenir que scripts mal escritos consumam toda a memória disponível no servidor. Por exemplo, se cada um de 3 scripts em PHP estão consumindo 100MB de memória simultaneamente, isso iria resultar em 300MB de uso de memória, e o limite de memória do PHP de 128MB não seria atingido.

A memória RAM é responsável por armazenar e fazer com que todos os dados necessários para rodar um processo ou script sejam disponibilizados. Basicamente, o RAM do sistema em si é o que irá alocar memória para esses processos ou scripts, como também deixar um pouco de memória reservada para garantir o funcionamento correto de outros programas/serviços no sistema.

NOTA: